Der erste Weihnachtstag 1959 brachte für die Kölner ein böses Erwachen. Die frisch restaurierte Synagoge war in der Nacht vom 24. auf den 25. Dezember 1959 mit Hakenkreuzen beschmiert worden. Bereits am nächsten Tag wurden zwei Mitglieder der rechtsradikalen Deutschen Reichspartei als Täter gefasst und festgenommen. Es waren beileibe nicht die ersten antisemitischen Schmierereien nach Kriegsende, doch erregten sie die bei Weitem größte Aufmerksamkeit im In- und Ausland und dienten als Vorbild für zahlreiche Nachahmertaten.
Allein im nächsten Monat registrierte der Verfassungsschutz 685 antijüdische »Vorkommnisse«. Bundeskanzler Adenauer, ehemals Oberbürgermeister von Köln, war von der Tat angewidert, doch verharmloste er die Nachahmeraktionen als »Flegeleien« und empfahl seinen Mitbürgern: »Wenn ihr irgendwo einen Lümmel erwischt, vollzieht die Strafe auf der Stelle und gebt ihm eine Tracht Prügel. Das ist die Strafe, die er verdient.«
reaktionen Andere Kölner reagierten auf den wiederaufflammenden Antisemitismus grundsätzlicher. Heinrich Böll gründete zusammen mit einer kleinen Zahl engagierter Kölner Bürger 1959 die »Germania Judaica«, eine Bibliothek zur Geschichte des deutschen Judentums, die auch als Begegnungsstätte und Lernort zu dieser Geschichte dienen sollte. Auf der Webseite der heute größten Spezialbibliothek auf diesem Gebiet heißt es: »Die Gründer ... waren der Überzeugung, dass Unkenntnis Vorurteile begünstigt, und wollten eine Einrichtung schaffen, die den nachfolgenden Generationen Zeugnis geben kann von Geschichte und Kultur des deutschen Judentums.«
Es folgten bald ähnliche Projekte. In Köln eröffnete 1963 die Ausstellung »Monumenta Judaica«, in der das Zusammenleben von Juden und Christen am Rhein über fast zwei Jahrtausende dokumentiert wurde. Ein Jahr später begann das Hamburger Institut zur Erforschung der deutschen Juden seine Tätigkeit aufzunehmen; in Berlin, Köln und Frankfurt entstanden Judaistik-Institute.
Wovor der damalige Generalsekretär des Zentralrats, H.G. van Dam, 1964 warnte, scheint auch ein halbes Jahrhundert später noch aktuell: »Das jüdische Thema ist in den letzten Jahren bei den Massenmedien immer wieder hervorgetreten ... Auf der einen Seite bedeutete die Wahl dieser Themen den beachtlichen Versuch, die Indifferenz zu bekämpfen, durch das jüdische Schicksal Teilnahme hervorzurufen und sich mit unliebsamen Erscheinungen auseinanderzusetzen ... Andererseits bestand auch das Gefühl einer gewissen Übersättigung und einer Ermüdung der öffentlichen Meinung.«